Fundacja Lilium jest członkiem Mazowieckiej Sieci Edukacyjnej, którą tworzy 50 organizacji pozarządowych, prowadzących szeroko rozumianą działalność edukacyjną na Mazowszu.
Celem strategicznym MSE jest integracja edukacyjnych inicjatyw pozarządowych na Mazowszu i nadanie im rozmachu, który spowoduje zmianę tradycyjnego postrzegania edukacji i uznanie jej za narzędzie rozwoju regionu.